南方东晋承继西晋文化，原在中原流行的玄学及般若学也随之南下。与道安同时，而在南方传教者有竺道潜[13]与支道林[14]，两者皆以擅讲般若而受到贵族士大夫的钦仰，为玄学式的贵族佛教及格义佛教的典型代表。尤其是支道林，著有《圣不辩知论》、《即色游玄论》等，创般若学的即色义，主张即色本空。时人评其学“不减王弼，比做向秀”。与谢安、王羲之、许询、殷浩等一代名流交游甚密。
支道林之后，南方佛教中心即转为庐山的慧远[15]。师博通六经，尤精老庄，听闻道安讲般若而出家。后以远避战乱而入庐山东林寺。师持戒严谨，为南方佛学领袖，当地名绅士学皆崇其行。曾迎佛驮跋陀罗[16]、僧伽提婆[17]等印度高僧入庐山译经，开启南方译经的风潮。应江州刺史桓玄之问，撰著《沙门不敬王者论》，明示出家法与在家法的不同，以化解当时佛教与中国礼法的扞格[18]。又集僧俗一百二十三人同结白莲社，以《般舟三昧经》的禅观修行，期生西方净土，是禅净共修的初创者，后世尊为净土宗初祖。
慧远虽足不出山，然亲近者众，道生[19]（曾北上长安受学于罗什门下）就是其中之一。道生孤明先发，以“佛性论”、“顿悟说”引起当时教界的辩论，尤其“一阐提皆得成佛”的主张，更被视为异端，而不见容于大众，直至北凉昙无谶所译北本《大般涅槃经》传入[20]，获证同于佛说，时人方才惊服。道生所悟的思想对于后未的涅槃、天台、华严和禅等各宗都有深远的影响。