《夷夏论》的论点主要有四：
其一，佛道同源。中国自三皇五帝以来，只有老庄之道和周孔儒学，并无佛教，佛教乃是老子入天竺化胡成佛，才兴起佛教。如果孔子、老子不是佛，那么还有谁能称为佛呢？因此，“道则佛也，佛则道也”[25]。佛道二教起源相同，并无二致。
其二，佛道术异。佛道虽则同源，都是圣人用以教化众生，劝善戒恶，但教化的对象不同，所用的方法也不同，因此佛道术异，道教教化的华夏之人，华夏风俗是民风淳朴，遵行礼教，谦让温良。所以圣人以道教养生仙化之术、精微质朴之道，使华夏之人全形守礼，自然无为，止于至善。佛教教化的是西戎群夷，戎夷风俗是胡服鸟语，蛮荒无文，人性凶恶。所以圣人教以佛教的涅槃灭度之术，勇猛破恶。“佛是破恶之方，道是兴善之术。兴善则自然为高，破恶则勇猛精进。”[26]夷夏之人性有差异，佛道之术也不一样。
其三，佛道之用不能相混。佛道虽然都是教化众生的，但夷夏之人性有别，不能相互混用。其理如同舟、车虽然都是载人致远的交通工具，但舟只能航行于江河之中，车只能行于陆地之上，两者无法更换。“虽舟、车均于致远，而有川、陆之节；佛、道齐乎达化，而有夷、夏之别。若谓其致既均，其法可换者？而车可涉川，舟可行陆乎？”因此，佛道二教“各出彼俗，自相聆解”[27]。绝不应将出自戎夷之地的佛教用于教化华夏之邦。